Principais rios e afluentes

 
As águas superficiais interiores estão divididas, conforme o ambiente de ocorrência, em corpos lênticos e lóticos (Resolução Conama n° 357/2005). Cabe à Semace a responsabilidade do monitoramento da qualidade ambiental dos mananciais lóticos.
 
Antecipando-se às determinações da Resolução ANA n° 903/2013, que criou a Rede Nacional de Monitoramento da Qualidade das Águas Superficiais, a Semace realiza, desde 2009, o monitoramento dos principais rios e seus afluentes nas onze bacias hidrográficas do Estado. Esses estudos são realizados através de campanhas trimestrais e contemplam um total de 93 pontos de amostragem.
 
Em 2016, a parceria estabelecida entre a Semace e a Agência Nacional de Águas (ANA), através do Contrato n° 20/2016/ANA, fortaleceu as atividades. Desde então, a ANA incorporou ao Programa Nacional de Avaliação da Qualidade das Águas (PNQA) 49 pontos de monitoramento da Semace, que passaram a compor a Rede Nacional de Qualidade das Águas (RNQA). Desses, dez também são monitorados os quantitativos de vazão.
 
O monitoramento dos principais rios visa ampliar o conhecimento sobre a qualidade das águas superficiais interiores, originando a formação de banco de dados com informações de longos períodos, que facilitarão a gestão sistemática dos recursos hídricos e a compreensão de fenômenos relativos às alterações do ambiente natural. Oferece ainda subsídio técnico para futuro enquadramento dos recursos hídricos, conforme preconiza a Resolução Conama n° 357/2005.
 
Ao todo, onze bacias hidrográficas estão contempladas, a saber: Acaraú, Banabuiú, Coreaú, Curu, Alto Jaguaribe, Médio Jaguaribe, Baixo Jaguaribe, Litoral, Metropolitana, Salgado e Sertões de Crateús.
 
Os parâmetros monitorados variam de acordo com os usos predominantes na bacia hidrográfica e a pressão antrópica exercida. São: pH, turbidez, cor verdadeira, temperatura (da água e do ar), nitrito, nitrato, nitrogênio amoniacal total, sulfato, oxigênio dissolvido (OD), demanda biológica de oxigênio (DBO), demanda bioquímica de oxigênio (DQO), condutividade elétrica, cloreto, clorofila a, fósforo total, ortofosfato, salinidade, sólidos em suspensão, sólidos totais dissolvidos, sólidos totais, substâncias solúveis em hexano, coliformes termotolerantes e recentemente incluída alcalinidade total, de bicarbonato, de carbonato e de hidróxidos.